La unidad Ambiental del ISTA es la encargada de verificar que los proyectos de parcelación no afecten las áreas naturales protegidas, donde existe riqueza de flora y fauna que son de gran importancia para el bienestar de nuestro país.

Para el cumplimiento de los fines institucionales se mantiene una coordinación permanente con el Ministerio de Medio Ambiente y Recursos Naturales (MARN), quienes a través de su personal técnico brindan asesoría y respaldo al trabajo del ISTA, para agilizar procesos de medición y de transferencia de las áreas naturales para garantizar su conservación.